Cet enseignement regroupe un ensemble de concepts, d’approches et de représentations, indispensables à l’observation, à l’analyse et à l’appréhension de la Biodiversité génétique des plantes, infra ou inter-spécifique, et à la compréhension qu’elle est le produit d’une dynamique, l’évolution des espèces et des organismes qui les composent.
Les connaissances à acquérir s’articulent autour de plusieurs axes :
1) Les concepts qui définissent les objets à considérer pour caractériser les plantes et leurs séquences nucléotidiques et peptidiques. Les caractères et les états de caractère seront explicités, avec les notions de similarité, d’homologie, d’homoplasie et les considérations afférentes, ainsi que la façon de les traiter et de les utiliser.
2) La représentation de la Biodiversité génétique des plantes et de son émergence. Les éléments indispensables de la théorie des graphes seront développés et appliqués à la modélisation de cette représentation pour reconstruire un historique qui rende compte de la présence des espèces et des gènes observés aujourd’hui.
3) Les procédures de reconstruction des phylogénies. Une place particulière sera accordée à la méthode associée à la Cladistique, fondement de la systématique phylogénétique actuelle des organismes. Les méthodes de reconstruction des phylogénies de gènes, n’utilisant pas la parcimonie comme critère optimal, seront également présentées, avec les modèles d’évolution sur lesquels elles s’appuient.
4) L’espèce et ses subdivisions. Nous envisagerons notamment les problèmes posés ces concepts, les modèles classiques de spéciation et les données de génomique relatives à la spéciation. Les hybridations d’espèces, les endosymbioses et les transferts de gènes entre espèces seront traités ainsi que la représentation graphique de tels événements. Nous aborderons également la conservation de la Biodiversité des plantes, no tamment de la diversité génétique, in situ et ex situ, ainsi que la restauration des écosystèmes.

 

Dans le cadre de cette UE, sera développée la macro-compétence : maitriser la démarche scientifique :
1) Faire le bilan de ses connaissances et les confronter aux données existantes pour contextualiser et justifier une question scientifique (E)
2) Concevoir, proposer un protocole apte à répondre à la question posée (A)
3) Observer et décrire des résultats, des objets, des faits avec un regard critique pour s’approprier une réalité (E)
4) Analyser des objets : mettre en relation des données, des faits, ect.. pour dégager et différencier des causalités et des corrélations (E)
5) Interpréter les données analysées en les intégrant dans un contexte global, et savoir proposer des perspectives (A)
D’autres compétences seront aussi développées : L’autoévaluation, la décision, l’engagement, la persévérance, la maturation, la ténacité, la responsabilité, la curiosité, l’adaptabilité et la maitrise des techniques et outils spécifiques aux champs disciplinaires