Présentation des méthodes permettant d’établir et d’étudier les réseaux d’interactions entre protéines. Les techniques de mise en évidence d'interaction protéine-protéine utilisables à haut-débit (purification par affinité, technique du double hybride…) seront présentées ainsi que la description et utilisation des banques de données d’interactome. Une introduction à la spectrométrie de masse pour la biologie sera faite. Un cas pratique de purification par affinité de complexe couplée à la spectrométrie de masse sera étudié en travaux pratiques et dirigés.

COURS
- Methodes de prédiction et de détection des IPP
- Analyse bioinformatique des interactomes
- Introduction à la spectrométrie de masse

TD
- Visualisation d'interactomes avec Cytoscape
- Planification théorique de la réalisation d'un interactome par double hybride

TP
- Purification de l’ARN polymérase de E. coli par la méthode TAP
- Identification des interactants par spectrométrie de masse

- Connaitre et comprendre les méthodes permettant d'établir un interactome
- Maitriser les outils de visualisation des interactomes
- Extraire et adapter un protocole expérimental
- Suivre un protocole expérimental complexe
- Analyser et interpréter des résultats expérimentaux

- Deciphering protein-protein interactions. Part I. Experimental techniques and databases (2007) PLOS Computational Biology 3(3), e42 - Deciphering protein-protein interactions. Part II. Computational methods to predict protein and domain interaction partners (2007) PLOS Computational Biology 3(4), e43
- Protein-protein interactions essentials: key concepts to building and analyzing interactome networks (2010) PLOS Computational Biology 6(6), e10000807