Description générale
Cette UE est consacrée à l’analyse et l’exploitation de données massives. Après un rappel des technologies de séquençage nouvelle génération (NGS), l’accent est mis sur le traitement bioinformatique de ces données NGS (contrôle qualité, mapping, assemblage de novo de génomes, analyse de données ChIP-seq) avec exercices pratiques sur des jeux de données publiques. Un deuxième volet porte sur l’annotation des génomes et l’exploitation d’une liste de gènes avec là aussi des applications pratiques (annotation automatisée d’un génome complet procaryote, analyse de régions génomiques eucaryotes, étude de l’enrichissement fonctionnel d’une liste de gènes…).

Contenu détaillé
- Les projets génomiques et métagénomiques dans les 3 domaines du Vivant et leurs applications
- Séquençage et assemblage des génomes
- Annotation des génomes
Localisation des éléments génomiques (éléments répétés, gènes non codants et codants, pseudogènes)
Nombre de gènes, taille du génome et complexité, diversité des transcrits
Annotation fonctionnelle (Méthodes et limites)
- Intégration des données omiques : d’une liste de gènes aux réseaux biologiques
- Régulation épigénétique de l’expression des génomes eucaryotes
- Méthodes d’étude de l’épigénome (ChIP-seq...)
 

- Maîtriser les ressources dédiées à l’exploration des génomes et épigénomes
- Etre capable d’analyser des données NGS (contrôle qualité, mapping, assemblage…)
- Maitriser les programmes et méthodes couramment utilisés dans l’annotation des génomes
- Etre capable d’analyser et d’exploiter une liste de gènes
- Etre capable d’utiliser différents environnements de travail et plateformes (Windows/Linux, Galaxy, Ensembl, UCSC…)
 

- Supports de cours sur la plateforme moodle
- Articles de revues mis à disposition sur la plateforme moodle
- Principles of genome analysis and genomics - S.B. Primrose, R.M. Twyman (Wiley-Blackwell)
- Bioinformatics: sequence and genome analysis. D.W. Mount. (Cold Spring Harbor Lab. Press)