Les responsables de la plateforme de microscopie et d’imagerie de l’IBMP rappellent la théorie nécessaire pour comprendre puis utiliser les 3 types de microscopie : optique, confocale et électronique. Cette introduction est indispensable pour préparer les étudiants à la manipulation des différents microscopes par petits groupes afin d’acquérir les règles de base de prise en main de ces outils devenus incontournables en biologie cellulaire. Des technologies plus pointues faisant appel à la biologie moléculaire et cellulaire sont également introduites sous forme de dossiers techniques préparés et présentés par les étudiants.

Cette UE donne une large place à la formation pratique des étudiants :
- Réglage des différents modules d’observation d’un microscope optique (fond clair, DIC, contraste de phase, fluorescence).
- Observation d’un échantillon en microscopie électronique à balayage par la technique du Serial Block Face Imaging.
- Initiation à l'utilisation d'un microscope confocal et observation de cellules de tabac BY-2 transformées de manière transitoire par bombardement pour identifier les signaux d’adressage sub-cellulaire.
- Acquisition et traitement d'images.
- Analyse de séquences protéiques d’intérêts grâce aux logiciels d’analyse courants disponibles sur le web.
- Manipulation d’un transgène sous contrôle d’un promoteur inductible dans le modèle végétal (cellules de tabac BY-2) et suivi de l’expression du transgène après induction en révélant les transcrits par Northern blot, par RT-PCR semi-quantitative et par RT-PCR (détection SYBER green) et la protéine GFP par immunoblot et par microscopie à épifluorescence.
- Générer une lignée de cellules BY-2 transformées de manière stable par la méthode de l’agroinfection en vue de manipuler les gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire dans le modèle végétal.
 

Maitriser la démarche scientifique
- Se familiariser avec le mode de fonctionnement des plateformes de l'IBMP : microscopie confocale et microscopie électronique.
- Faire le bilan de ses connaissances et les confronter aux données existantes pour contextualiser et justifier une question scientifique.
- Concevoir un protocole de biologie moléculaire et/ou cellulaire en adéquation avec les contraintes imposées par le modèle végétal.
- Observer et décrire des résultats avec un regard critique pour mesurer les limites d’une technologie.
- Interpréter les données analysées en les intégrant dans un contexte global, et savoir proposer des perspectives

Mener un projet
- Maitriser les techniques et outils spécifiques aux champs disciplinaires
- Mener une veille technologique
- Travailler en équipe

Communiquer
- Maitriser les outils de communication et d’imagerie
- Rendre compte de façon argumentée et synthétique d’une analyse bibliographique dans un champ disciplinaire imposé.