Cet enseignement se focalise sur l’analyse des Génomes de plantes, tant au niveau de leur organisation que de leur expression, et sur les effets de variations depuis la séquence jusqu’au phénotype de la plante. Un phénotype étant la résultante de l’intégration de l’influence de l’environnement, des génotypes, du gène lui-même ainsi que de son contexte génomique, ces quatre niveaux sont appréhendés par des études de l’organisation structurale des génomes, du polymorphisme et d’expression des gènes. Les connaissances qui devront être acquises forment un ensemble cohérent de techniques, de méthodes et de concepts qui permettront ces études.
Ces connaissances concerneront :
1) L’organisation structurale des génomes de plantes par l’analyse de génomes séquencés pour identifier les différents éléments constituants un génome ainsi leur agencement les uns par rapport aux autres et leurs influences sur l’expression des gènes et le phénotype de l’individu.
2) L’expression et la régulation des gènes par des analyses transcriptomiques et une approche du protéome : banques d’acides nucléiques, hybridation, mesure de l’accumulation des transcrits et des protéines, interactions protéines - acide nucléiques et leurs conséquences sur l’expression du génome.
3) L’analyse de la corrélation entre une expression phénotypique différentielle et le polymorphisme de l’ADN, suivi par des marqueurs moléculaires : détection et cartographie de loci impliqués, identification de gènes candidats positionnels, étude comparée de l’expression de ces gènes.
4) Les interactions entre gènes impliqués dans une même voie biologique : modulation de l’expression phénotypique en fonction des allèles présents dans la plante, cas des QTL et des caractères quantitatifs, analyse des relations d’épistasie, impact de l’environnement, normes de réaction, influences réciproques de l’expression des gènes concernés.

 

Macro-compétence développée : Maitriser la démarche scientifique
1) Faire le bilan de ses connaissances et les confronter aux données existantes pour contextualiser et justifier une question scientifique (E)
2) Concevoir, proposer un protocole apte à répondre à la question posée (A)
3) Observer et décrire des résultats, des objets, des faits avec un regard critique pour s’approprier une réalité (E)
4) Analyser des objets : mettre en relation des données, des faits, ect.. pour dégager et différencier des causalités et des corrélations (E)
5) Interpréter les données analysées en les intégrant dans un contexte global, et savoir proposer des perspectives (A)

Dans le cadre de cette UE les compétences suivantes seront aussi développées : Autoévaluation, décision, engagement, persévérance, maturation, ténacité, responsabilité, curiosité, adaptabilité, compréhension d’articles en anglais et maitrise des techniques et outils spécifiques aux champs disciplinaires