La formation en 2ème cycle comprend un tronc commun permettant d'atteindre les objectifs définis et un parcours personnalisé pluriannuel au cours duquel l'étudiant pourra choisir :

1. D'approfondir ou de compléter ses connaissances et compétences dans un domaine médical transversal ou pluridisciplinaire
2. D'approfondir ou de compléter ses connaissances et compétences favorisant une orientation vers la recherche dans le cadre d'un parcours approprié
3. D'approfondir ou de compléter ses connaissances et compétences dans des disciplines non strictement médicales.

Le parcours personnalisé comprend des unités d'enseignement librement choisies parmi des formations dispensées à l'université. Elles sont de préférence en continuité avec les unités librement choisies au cours du premier cycle. Des parcours types peuvent être proposés par les unités de formation et de recherche.